Me han pasado una nueva idea para mostrar mensajes al usuario de forma transparente (en inglés).

Básicamente, la idea consiste en mostrar con javascript mensajes grandes semitransparentes por encima de cualquier información, de forma que el usuario sea perfectamente informado.

Pantallazo que muestra un mensaje transparente

Creo que es una idea muy acertada siempre y cuando se respeten también la accesibilidad de la web.