Para optimizar la ejecución de código al utilizar Log4J es recomendable escribir las trazas de la siguiente forma:

if (cal.isDebugEnabled()) {
cal.debug("Número: " + i + " es " + String.valueOf(ent[i]));
}

Si te fijas, antes de llamar a debug, el intérprete de java tiene que evaluar una expresión, y esto lleva tiempo. Si no está activado el debug, evitamos esta evaluación y por tanto ahorramos tiempo.

Más en What is the fastest way of (not) logging? del Log4J FAQ (en inglés).

Log4E es un buen plugin de Eclipse que te ayudará a organizar las trazas de log en el código.

Nota: He vuelto a trabajar con Java/J2ee, y no será raro que a partir de ahora escriba acerca de Java, así que he creado una nueva categoría.